Bei einer Ausgrabung in Beidha in der Nähe des Toten Meeres konnte seine frühste Verwendung als grünes Pigment nachgewiesen werden. In einer 9000 Jahren alten Siedlung entdeckte man mit Malachit bemalte Wände, und in den Überresten einer Werkstatt die Rohstoffe Malachit und Ocker. Malachit war im Altertum ein wichtiges Grünpigment. Die ägyptischen Frauen schminkten ihre Augenlider mit grünem Pulver von zerstoßenem Malachit. Dazu wurde der Malachit gemahlen und mit Eiweiß, Akazienharz oder Feigenmilch als Bindemittel vermischt. Die Farbe Grün galt schon bei den alten Ägyptern als Farbe des Lebens und des Wachstums. Sie bauten den Edelstein am Berg Sinai ab und gewannen daraus Kupfer. In gepulverter Form wurde er auch bei den Römern für Wandmalereien verwendet.  

In der arabischen Welt nahm man gepulverten Malachit als Gegengift und gegen Geschwüre ein. Diese Wirkung ist wie seine Verwendung als Talisman, der Kinder vor Unfällen beschützen soll, eine Legende geblieben. Manche schreiben ihm jedoch noch heute heilende Kräfte zu. Man sagt ihm nach, er entziehe dem Körper krankmachende Energie. Neben seiner Verwendung als Pigment ist er bis heute ein beliebter Schmuckstein geblieben.   

Malachit wurde als kostbares, grünes Farbpigment in der Malerei immer wieder eingesetzt. Im Märzbild der „Stundenbücher“ (Les Très Riches Heures) verdanken die maigrünen Mäntel der Frauen in der Reitergruppe dem Malachit ihre Farbe. Die 12 berühmten Monatsbilder stellen den Anfang für insgesamt 131, mit Leimfarben colorierte Buchseiten dar.  

Als Pigment wird Malachit heute nur noch von Restauratoren verwendet. Harte und farbstarke Stücke werden zu Schmucksteinen geschliffen, die schlechtere Qualität wird als Kupfererz verarbeitet.  

Im Labor kann man ein basisches Kupfercarbonat durch Zugabe einer konzentrierten Natriumcarbonat-Lösung zu einer verdünnten Kupfer(II)-sulfat-Lösung herstellen (gesättigte Lösung etwa zur Hälfte verdünnt). Man gießt in kleinen Portionen unter ständigem Rühren so viel Natriumcarbonat-Lösung hinzu, bis eine kräftige Gasentwicklung stattfindet. Dann wird keine Natriumcarbonat-Lösung mehr zugegeben. Man wartet ab, bis die Gasentwicklung aufhört. Bei dem Prozess fällt türkisblaues, basisches Kupfercarbonat aus. Dieses enthält ein Gemisch mit Azurit Cu₃(CO₃)₂(OH)₂ und Malachit Cu₂(CO₃)(OH)₂. Nach dem Spülen mit Wasser während dem Filtrieren und dem nachfolgenden Trocknen des Rückstands an der Luft erhält man ein türkisblaues Salz, dass am Licht und an der Luft immer mehr zu Malachit zerfällt. Beim Trocknen im Trockenschrank bei 50 °C wird nach kurzer Zeit eine klare Flüssigkeit ausgeschwitzt. Nach dem Abgießen der Flüssigkeit findet sich der grüne Malachit als Bodensatz. Eine Gesamtreaktion lässt sich so formulieren: