Elementares Mangan tritt in der Natur zwar nachweislich auf, es ist aber von der IMA nicht als eigenständiges Mineral anerkannt. Reines Mangan ist stahlgrau, an der Luft reagiert es relativ schnell zu einem braunem Manganoxid. Die Strichfarbe ist nur beim reinen Mangan dunkelgrau. Mangan löst sich in Salzsäure, Schwefelsäure und Salpetersäure. Auch mit Wasser reagiert es bereits bei Zimmertemperatur. Ist das Mangan mit anderen Metallen durchmischt, ist es chemisch wesentlich beständiger.

Die Manganknollen findet man am Meeresboden in den Tiefen der Ozeane. Sie enthalten bis zu 27% Mangan, sowie andere Metalle wie Eisen (bis 40% Anteil), Kupfer, Cobalt, Zink und Nickel. Die meisten Knollen sind nur wenige Zentimeter groß, nur selten erreichen sie 20 Zentimeter oder mehr. Ihre Form ist kugelig-nierig, im Inneren sind sie porös. Bei der Entstehung wurden die Metalle um einen ursprünglichen Kern – beispielsweise ein Sandkorn – schichtartig ausgefällt. Ein Teil des Mangans stammt aus den Schalen von Meerestieren, ein weiterer Anteil aus dem Sediment. Die Manganknollen wachsen extrem langsam, für einen Millimeter benötigt es ungefähr 200000 Jahre. Mangan kann auch dendritisch im Tropfstein auftreten.