Annatto wurde schon von den Maya zum Färben und Würzen verwendet. Die rotorange Farbe spielte auch als Körperbemalung bei religiösen Riten eine Rolle. Die Tsáchilas in Ecuador färben ihre Haare traditionell mit dem Farbstoff. Noch heute wird in Ecuador damit Reis gefärbt. In Brasilien verwendet man die Samen zum Färben von Fleisch- und Fischgerichten. In Mexiko sind sie ein beliebtes Gewürz. In Europa wird der Farbstoff zum Färben von Gouda, Cheddar oder anderen Käsesorten eingesetzt. Außerdem dient er als Farbstoff für Lippenstifte und Kosmetika. Früher wurde der Farbstoff auch zur Herstellung von roter Tinte eingesetzt. 

Dampft man das Wasser aus einem erhitzten Annatto-Extrakt ab und trocknet man den Rückstand, erhält man ein Pulver, dass zu einem Kuchen gepresst werden kann. Dieses Produkt kommt als Lebensmittelfarbstoff E160b in den Handel. Es enthält die Farbstoffe Bixin und Norbixin, die zu den Carotinoiden gehören. Während Bixin in Wasser unlöslich und nur in Pflanzenöl wenig löslich ist, löst sich das Norbixin in alkalischer, wässriger Lösung. Durch Verseifung mit einer Lauge erhält man aus dem Bixin das Norbixin. Im Annatto überwiegt die cis-Form der Bixine. 

Mit Annatto kann man wie beim Safran in einer Direktfärbung ohne Beize färben. Auf Wolle erhält man ein sattes, leuchtendes Orange und auf Seide, sowie Ostereiern ein Goldgelb. Zur Verstärkung des Orange werden Textilstoffe noch mit Alaun, Weinstein oder Zinn(II)-chlorid vorgebeizt. Die Zugabe von wenig Soda (Natriumcarbonat) führt zu einer leicht alkalischen Lösung, so dass sich der Farbstoff etwas besser löst. Die Samen werden in heißem Wasser unter Umrühren gekocht, bis es schäumt. In diesem Farbstoffextrakt kann man färben.